"Three Hopes" veiksmas vyksta toje pačioje visatoje kaip ir "Three Houses"; nors originaliojo žaidimo veikėjai ir istorijos elementai (įskaitant "Cindered Shadows" DLC) yra plačiai naudojami, žaidimas vyksta alternatyvioje laiko juostoje, o jo pagrindinis veikėjas yra naujas veikėjas, vardu Shez. Žaidime "Trys viltys" Shez, samdinys, kurio komandą mūšio metu sunaikino Byleth, įstoja į Garreg Macho vienuolyno karinę akademiją ir tampa vienos iš trijų klasių mokiniu, kurių kiekvienoje mokosi vienos iš trijų Fódlano žemyno tautų atstovai. Kaip ir žaidime "Trys namai", žaidime žaidėjams leidžiama patiems nuspręsti, prie kurios klasės prisijungti, o tai lemia skirtingus istorijos kelius ir skirtingus žaidžiamus veikėjus.