Действие Three Hopes происходит в той же вселенной, что и Three Houses; хотя персонажи и сюжетные элементы оригинальной игры (включая DLC Cindered Shadows) широко представлены, действие игры происходит в альтернативной временной шкале, а ее главным героем является новый персонаж по имени Шез. В игре "Три надежды" Шез, наемник, чья команда была уничтожена Байлетом в бою, поступает в военную академию монастыря Гаррег Мач и становится студентом одного из трех классов, в каждом из которых учатся представители одной из трех наций континента Фодлан. Как и в игре Three Houses, игра позволяет игрокам самим решать, к какому классу присоединиться, что приводит к различным сюжетным путям и игровым персонажам.